1945年抗战胜利前夕，侵华日军第七三一部队在哈尔滨平房区以“给水防疫”为名，秘密进行惨无人道的细菌战研究，大肆抓捕平民进行活体实验，妄图以此扭转败局。小贩王永章（姜武 饰）等人被强行抓入“特设监狱”

庚子年，恰逢天象“四星合一”，预示改朝换代之征兆。　　曹操（周润发 饰）的部属、尤其他的公子曹丕（邱心志 饰），希望借此良机推献帝禅位、曹操登基；同时反对曹操的势力，也加紧了行动，无人知晓四星合一之时

影片以侵华日军731部队在中国东北进行的细菌实验为背景，通过一个小人物的曲折命运，揭露731部队的罪行。