当初为了避开巨人的进攻，人类修建了地下街道，不过这项企划很快废止，地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔（神谷浩史 配音）和法兰是一对好朋友，他们自行学会了立体机动装置，渴望有朝一日沐浴在阳光

前田一也（岛崎信长 配音）是一个过着平凡生活的高中生，但当他从父亲那里获得了一台数码照相机后，前田平凡的生活划上了休止符。对于照相机强大的功能，前田兴致极高，但照相机必须有被拍摄的对象才能产生价值，那

在闹市区的后巷中，平凡高中生藤岛鸣海（松冈祯丞 配音）目睹了一桩突发事件。不日，他被同班同学彩夏带去了她打工的“花丸拉面店”，在这里，他居然又遇到了当天那三个“可疑人物”——柏青哥高手阿哲、“军事宅男

在一栋大楼最底层甦醒的13岁少女，瑞吉儿·加德纳(レイチェル・ガードナー)，她没有任何记忆，不知道自己为何在这里，而为了回到地面，她开始试着逃出去，但是突然在她面前出现了脸上缠满绷带、拿着有如死神般的

故事发生在名为恩典农场的孤儿院内，在这里生活着很多失去了亲人，无家可归的孩子们，他们共有36人，每天，在劳作和玩耍之余，孩子们还要进行学习和测验，其中，佼佼者是名为艾玛（诸星堇 配音）的女孩和名为诺曼