自从七原秋也与中川典子从新世纪教育法（简称 ）中逃出，两年转眼就过去了。人类社会进入了恐怖主义时代！首都在反 国家的恐怖分子的袭击下，化为一片废墟。政府当局认定凶犯为七原秋也，开始了对其国际通缉。

平静的东京湾突然发生海难，当人们还在猜想是否海底火山爆发时，一只巨大的怪兽冒出水面并登陆城区。日本政府主导成立了“巨大不明生物灾害部”，网罗了国家中的奇人异士加盟，研究发现怪兽是受到放射性污染而诞生出