刚毕业的医学院学生保本（加山雄三 饰），在父亲的介绍下，来到穷乡僻壤的小石川诊所实习。他的老师是一位被称作红胡子（三船敏郎 饰）的古怪医师。起初，

黑锹小角（小林昭二 饰）率领的忍者军团行动失败，柳生鞘香（松尾嘉代 饰）带领其麾下的女子刺客军团继续追踪拜一刀父子的踪迹。阿波藩的蓝玉制造密法被幕府盗走，拜一刀（若山富三郎 饰）受聘刺杀盗走密法之人。

柳生烈堂（大木实 饰）的三个儿子在追杀拜一刀父子的过程中接连战死，于是派出手里最后的王牌——善于使用手里剑的女儿香织（瞳顺子 饰）。最终仍难逃落败的命运。　　愤怒的柳生烈堂找到自己庶出的儿子——土蜘